O Projeto de Imunidade de Microbioma deve continuar!
| Por: A equipe de pesquisa do Projeto de Imunidade do Microbioma | |
| 11 de maio de 2020 |
Pesquisa
sumária na época de uma pandemia é mais importante do que nunca. Veja como a equipe do Projeto de Imunidade de Microbioma está fazendo progressos contínuos enquanto trabalha em casa.
Trilhões de bactérias vivem dentro e em nossos corpos. O Projeto de Imunidade de Microbioma está usando o poder computacional da World Community Grid para estudar as proteínas produzidas por essas bactérias, que estão codificadas em seus genomas. Isso ajuda os cientistas a entender o papel do microbioma na doença.
Queremos agradecer a todos os nossos voluntários por sua ajuda na doação de valioso tempo no computador! Até agora, executamos mais de 300.000 seqüências de proteínas através de nosso oleoduto. Com os modelos previstos e nosso novo método de anotação funcional, finalmente iniciamos um mergulho mais profundo na análise de nossos dados!
O Contexto
A reunião de primavera do Projeto Imunidade de Microbioma foi virtual em vez de presencial este ano.
Primeira fila (da esquerda para a direita): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Linha média (da esquerda
para a direita): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg Linha inferior (esquerda para direita): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Não retratado: Tommi Vatanen
Deveríamos nos encontrar em Nova York em março para nossa reunião geral de pesquisa regular. No entanto, devido à pandemia COVID-19, essa reunião não pôde acontecer pessoalmente. Em vez disso, tivemos várias chamadas de vídeo de várias horas através do Zoom nesses três dias, 18 a 20 de março. Participaram do encontro pesquisadores dos EUA (Nova York), Polônia e Nova Zelândia. Encontrar um tempo que funcionasse para todos nesses três fusos horários diferentes em todo o mundo foi difícil, mas conseguimos.
O Progresso
Nosso artigo sobre anotação funcional de seqüência e estrutura (você pode conferir uma pré-impressão aqui) foi submetido e está atualmente em revisão. Estamos mantendo nossos dedos cruzados para críticas positivas!
Também estamos trabalhando em mais dois trabalhos que mergulham nos dados coletados ao longo deste projeto, tanto experimentais quanto nossas previsões. Para isso, começamos a trabalhar em um banco de dados que torna esses dados facilmente acessíveis e analisáveis para nós como um grupo, e mais tarde para a comunidade científica geral e para todos vocês! Ainda há muito trabalho a ser feito, mas vamos assegurar-lhe que estamos fazendo progressos. Para enfrentar esses desafios, também temos alguns novos membros em nosso grupo que podem nos ajudar. A equipe polonesa está ficando maior por um estudante de pós-graduação adicional e pós-doutorando e nossa equipe de NYC tem outro engenheiro de software que nos ajuda a configurar os bancos de dados. Bem-vindos à nossa equipe: Paweł, Mary e Chris.
Em outras notícias marcantes, a membro da equipe de pesquisa Bryn Taylor defendeu com sucesso sua tese de doutorado em 14 de abril. De acordo com os tempos, sua defesa foi conduzida via Zoom, o que significava que um grande grupo de familiares, amigos e colegas poderiam comparecer. Parabéns, Dr. Taylor!
Nossas atividades de pesquisa sempre envolveram trabalho remoto e comunicação online. Nestes tempos difíceis, estamos trabalhando duro como sempre, e esperamos que todos os voluntários da World Community Grid estejam tomando medidas para se manterem seguros e saudáveis. Agradecemos seu apoio contínuo!
| By: The Microbiome Immunity Project research team | |
| 11 mai 2020 |
Summary
Research in the time of a pandemic is more important than ever. Here’s how the Microbiome Immunity Project team is making continued progress while working from home.
Trillions of bacteria live inside and on our bodies. The Microbiome Immunity Project is using the computational power of World Community Grid to study the proteins produced by these bacteria, which are encoded in their genomes. This helps scientists understand the role of the microbiome in disease.
We want to thank all of our volunteers for their help with donating valuable computer time! So far, we have run more than 300,000 protein sequences through our pipeline. With the predicted models and our new method for functional annotation, we have finally started a deeper dive into analyzing our data!
The Context
The Microbiome Immunity Project spring meeting was virtual instead of in-person this year.
Top row (left to right): Mary Maranga, Richard Bonneau, Tomasz Kościółek
Middle row (left to right): Julia Koehler Leman, Paweł Szczerbiak, Daniel Berenberg
Bottom row (left to right): Douglas Renfrew, Vladmir Gligorijevic, Chris Chandler
Not pictured: Tommi Vatanen
We were supposed to meet in New York City in March for our regular research general meeting. However, due to the COVID-19 pandemic, this meeting could not happen in person. Instead, we had several-hour long video calls through Zoom on those three days, March 18-20. Researchers from the USA (New York), Poland, and New Zealand participated in the meeting. Finding a time that worked for everyone in those three different time zones across the globe was hard, but we pulled it off.
The Progress
Our paper about functional annotation from sequence and structure (you can check out a preprint here) has been submitted and is currently under review. We’re keeping our fingers crossed for positive reviews!
We are also working on two more papers that dive into the data collected throughout this project, both experimental and our predictions. For this, we started working on a database that makes this data easily accessible and analyzable to us as a group, and later to the general scientific community and to all of you! Much work is still to be done, but let us assure you that we are making progress. To tackle these challenges, we also have some new members in our group that can help us. The Polish team is getting bigger by an additional graduate student and postdoctoral fellow and our NYC team has another software engineer who helps us with setting up the databases. Welcome to our team: Paweł, Mary, and Chris.
In other milestone news, research team member Bryn Taylor successfully defended her PhD thesis on April 14. In keeping with the times, her defense was conducted via Zoom which meant that a large group of family, friends, and colleagues could attend. Congratulations, Dr. Taylor!
Our research activities have always involved remote work and online communication. In these trying times we are working as hard as ever, and we are hoping that all World Community Grid volunteers are taking measures to stay safe and healthy. We thank you for your continued support!
